L’episodio inizia con Mulder che penetra in una base militare segreta a Mount Weather, che è il covo del governo ombra per cui lavorava l’Uomo che fuma. Lì trova acluni incartamenti che indicano inequivocabilmente che l’invasione aliena del mondo avverrà il 22 dicembre del 2012; viene però scoperto e inseguito da Knowle Roher, l’ex confidente di Doggett, rivelatosi poi un super-soldato alieno. In un tentativo di fuga, Mulder spinge Roher contro dei cavi dell’alta tensione, ma viene arrestato e sottoposto a processo militare per omicidio di un agente governativo. La pena, in caso di condanna, è la morte. I suoi ex-colleghi e amici all’FBI si attrezzano per trovare le prove che servono a difenderlo. Lui, intanto, ha delle strane visioni…