L’ultimo capitolo della trilogia di Matrix fornisece una risposta definitiva a tutti i quesiti aperti negi episodi precedenti. Neo è stato fatto prigioniero del Merovingio, proprio mentre le armate robotiche si apprestano a dare l’assalto a Zion, nel frattempo l’agente Smith è diventato sempre più potente, arrivando ad assimilare gran parte dei programmi più importanti presenti in Matrix. Morpheus e Trinity riescono a rintracciare e liberare Neo, ma la situazione paradossale che nel frattempo si è venuta a determinare è che i buoni e l’entità che governa Matrix si trovano a dover affrontare un potentissimo nemico comune, che minaccia di annientarli
entrambi: l’agente Smith. Neo accetta quindi di affrontare Smith in cambiodella salvezza di Zion e degli umani ancora collegati a Matrix.